Υγρόψυκτος, DOHC, 8 βαλβίδες 649 cm3, δικύλινδρος με ψεκασμό καυσίμου αποδίδει ομαλή ισχύ με άμεση απόκριση ειδικά στις χαμηλές και μεσαίες στροφές. Ο κινητήρας ρυθμίστηκε με χαρακτηριστικά ισχύος φιλικά προς τον αναβάτη εμπνέοντας εμπιστοσύνη ειδικά στους νέους αναβάτες. Οι αναθεωρημένες ρυθμίσεις στον ψεκασμό έχουν ως αποτέλεσμα ομαλότερη απόδοση ισχύος (ειδικά κάτω από τις 4.000 στροφές/λεπτό) και συμβάλλουν θετικά στο νέο εύστροφο χαρακτήρα της ER-6n. Τα άριστα χαρακτηριστικά ισχύος του κινητήρα στίς μεσαίες στροφές κάνουν διασκεδαστική την οδήγηση της μοτοσυκλέτας στους δρόμους των πόλεων. Η απόκριση είναι εξαιρετική, προσφέροντας εντυπωσιακή δύναμη στο προσπέρασμα. Οι μεγάλης διαμέτρου κύριες πεταλούδες γκαζιού 38 χιλ. συνδυάζονται με δευτερεύουσες πεταλούδες γκαζιού για υψηλή απόδοση ισχύος με ομαλή, άμεση απόκριση στο γκάζι. Το πλατύτερο (κατά 40 χιλ.) ψυγείο προσφέρει αύξησαν την αποδοτικότητα ψύξης (17.4 KW >> 19.4 KW).

Η πλάγια όψη των καλυμμάτων και του φαίρινγκ (ειδικά οι γωνίες στην κορυφή) έχουν τα χαρακτηριστικά σχεδιαστικά στοιχεία των μοτοσυκλετών Ninja. Ο σχεδιασμός του φέρινγκ συνδυάζει άψογα τα χρωματισμένα και τα μαύρα τμήματα προκειμένου να δημιουργήσει μία συμπαγή εμφάνιση – μια προσέγγιση παρόμοια με αυτήν που χρησιμοποιείται στη Ninja ZX-10R.